Дмитрий - насчёт вулканических пород - то ближайшие к Подмосковью столь далеко, что ни о какой транспортировке жеод и речи нет.
Скорее можно поверить в то, что истринскими оврагами размываются пермские известняки, лежащие непосредственно под юрскими породами. Судя по карте триас там полностью размыт. Коренник там рядом нужно искать.
По поводу кварцевой жеоды в окремненном пласте известняка, вероятно, сначала в известняке образовались конкреции, а позже, по горизонтальной трещине шло гидротермальное окремнение пласта.
Причем, процесс этот может быть очень сложным, пока раствор пресыщен кремнезёмом он откладывается, а потеряв кремнезём сам начинает растворять (выщелачивать) уже отложенный кремнезём. Температура раствора также влияет на процесс - остывая раствор становится пресыщенным, снова нагреваясь становится ёмким, начинается выщелачивание.
Так и получаются в одном куске халцедона пустоты, то с кристаллами, то с почками халцедона, а то и с агатами.