Кремни бывают разные. Кремень может содержать очень большое количество карбоната. И если в нем его 40% то такой кремень пористый, быстро реагирует с кислотами, железо в его составе окисляется и т. д...
Сравнивать пористость халцедона из секреций, с халцедоном из кремней можно только с такими кремнями, у которых количество SiO2 приближается к 100%. Другие кремни рассматривать не имеет смысла. И даже в таком случае речь шла не о полном отсутствии, а о разной скорости проницаемости.
_______
Dmitriy_D
Кальцит в пустотах может пере ориентировать кристалл так что спайность будет параллельна стенкам, в замкнутом пространстве.
Первичны грани кварца, которые покрывал халцедон. То есть это секреция.
И там нет кубов (если только то не флюорит). И кварц и кальцит в тригональной сингонии.