Я, конечно, не знаток, но хотел бы представить на суд свою версию. Если считать, что структура халцедона включает в себя микрокапиляры или, точнее, назовем их микрокапсулами, содержащие воду (по моему - так), то при скалывании образца часть этих микрокапсул оказывается открытой и, соответственно, вода испаряется. При повторном погружении в воду они могут и не заполниться - зависит от величины отверстия и наличия воздушной пробки.