"Как мог образоваться фантом в топазе?" Моё мнение, по тем же механизмам, что и в кварце. То есть рос себе кристалл, изменились условия - стал примеси поглощать, еще раз изменились - опять очистился, а в результате - фантом. Или, опять же, условия изменились, кристалл приостановил рост, на его поверхности стал кристаллизоваться другой минерал. Потом прежние условия вернулись, топаз продолжил свой рост, и поглотил включения.
Да, на вашем последнем фото, включения, похоже, те же, что и в моем топазе. Станут известны результаты анализа - отпишу.