Если коротко, то проблема заключается в одном единственном предложении статьи 7 Закона РФ "О ввозе и вывозе культурных ценностей"
Статья 7. Категории предметов, подпадающих под действие настоящего Закона
...
предметы, представляющие интерес для таких отраслей науки, как минералогия, анатомия и палеонтология...
Из-за этой "гениальной" формулировки любой булыжник будет считаться культурной ценностью и, следовательно, его вывоз должен оформляться так же, как и вывоз скрипки Страдивари. В 2006г. один гражданин попытался оспорить в Верховном Суде РФ необходимость отнесения к культурным ценностям горных пород (базальтов), но ему коллективным усилием заинтересованных министерств и ведомств (а ВС встал, понятно, на их позицию) быстренько разъяснили, что к чему. Причем логика была железной: в законе написано "представляют интерес для минералогии", раз, горные породы состоят из минералов, два, а значит, представляют интерес для минералогии, три, т.е являются культурной ценностью, четыре.
Все остальные нормативные акты (таможни, Минкульта, Россвязьохранкультуры и т.д.) - подзаконные, т.е. производные от вышеуказанного закона. Закон был принят в апреле 1993 году (а писался, понятно, еще раньше), когда проблема культурных ценностей явно не была первоочередной для страны. В мире аналогов этого закона в части такого перечня культурных ценностей, насколько я знаю, нет. В подавляющем большинстве стран мира оборот коллекционных образцов минералов (в т.ч. их ввоз-вывоз) ничем не отличается от гражданского оборота обычных товаров (исключение Бразилия и ряд африканских стран, но в Бразилии, по крайней мере, это объяснимо - там коллекционные образцы несколько другого качества).
Поэтому вывод: для того, чтобы полностью либерализовать перемещение минералов через границу нужно, в первую очередь, убрать из закона 1993 года слово "минералогия", но сделать это чрезвычайно сложно - лоббировать процесс пока некому.