Любой минерал под воздействием всякого рода факторов со временем может изменяться. Так же и кварц. В данном случае похоже, что кварц, его поверхность, частично растворился под воздействием гидротермальных растворов, которые же и привнесли хлорит или какой-нибудь другой минерал, осевший на поверхности кристаллов и придавших кварцу такую вот окраску.