Кварц "реагирует" ,но вовсе не по причине меньшей твёрдости. Он более хрупок по отношению к сердолику,всего лишь. Я не знаю,какого качества сейчас изготавливают инструмент,но раньше,когда деревья были большими,напильники и их родственники имели примерную твёрдость около 7 по Моосу. Там,конечно,другая система её измерения,но соотносимо вполне.
И для чего пилить халцедон,пусть он лежит себе.