Примесями. Самые известные - голубые кварцы, окрашенные примесями дьюмортьерита. Может быть и еще какие-то "загрязнения" способствовать могут.
Но собственного голубого цвета, насколько я знаю, нет, но это точно касается прозрачных разновидностей. У непрозрачных может что-то и есть, не знаю..