Да дело тут вообще не в халцедоне. Просто для кремнезёма энергии гидратации-дегидратации очень низки, поэтому эти процессы и протекают легко.
Практически любая поверхность в достаточной степени гидратирована гидроксилами (кроме сульфидов, углеводородов и благородных металлов). А молекулярная вода либо висит на этих гидроксилах (сорбированная за счёт водородных связей), либо встроена в решётку (кристаллогидратная вода), либо болтается в замкнутых порах. Чем выше удельная поверхность вещества, тем больше этой поверхностно-связанной воды.
Изоэлектрическая точка для кремнезёма лежит в области рН 2-3. При более низких рН поверхностные гидроксилы протонированы. И чем ниже значение рН, тем проще происходит их отрыв в виде электронейтральной молекулы воды, с образованием "поверхностной вакансии" - аналогично вакансии внутри кристалла. Вот эта вакансия и служит основой для нарушения структуры поверхности, в случае недостаточной её регулярности. Т.е., для монокристалла кварца поверхность будет регенерироваться в неизменном виде, а для мешанины участков кристобалита с неструктурированным кремнезёмом - изменяться. И если какой-то кремнезёмный микрофрагмент будет "выдран с корнем", он немного поболтается и прицепится как попало за счёт поликонденсации - а это и есть принцип образования А-опала (первичного).
Что касается халцедона, то его поверхностная энергия выше, чем кварца, и он будет тоже подвергаться поверхностным процессам (как результат, деструкции), хоть и значительно в меньшей степени и с меньшей скорость, чем ОКТ.
