Рекомендую Зоологический музей -
https://plus.google.com/100161147654528864845/about?gl=ua&hl=ru Там есть и геологический этаж.
Музей Геологического факультета очень даже замечательный.
http://www.geol.univ.kiev.ua/ua/museum/ Вход свободный, и бесплатный. Работает по рабочим дням до 15.00 (будут вопросы - пишите в личку).
Но в музеях ничего не купите. Они не продают.
А в переходах, у входа в метро можно купить то же что и в Вашем, и любом другом, городе городе - "что-то из Китая".
Андреевский спуск настоятельно рекомендую посетить. Там продают разное, и изделия, и образцы, и зубы акул из Днепровского аллювия. Но внимательным нужно быть. Я там видел изделия и из Уральского сырья, и из Армянского...
Из интересных местных особенностей, первое что вспомнилось - Володарск-Волынские Топазы. На Андреевском почти всегда есть. Не ограночного качества ~10 уе, размером с орех.
Еще Лабрадор Головинского месторождения (оно уже не разрабатывается).
Еще, вот пришло в голову, к примеру образец Гранита, из которого мавзолей сделан - наверно интересный сувенир бы был. Только его никто не продает. Его проще в щебенке найти.
И Овручский кварцит - PR если с следами ряби, очень ничего себе.
Да много всего ...