Гм, не так уж опал и аморфен. Осаждаясь из геля, кремнезем образует довольно упорядоченную структуру из глобул.
Глобулы, под действием меж-молекулярных сил, выстраиваются в некоторое подобие кристаллической решетки. С расстоянием, между глобулами, близким к длине полу-волны дневного света, чем и обусловлен проявляющийся эффект опалесценции у благородного опала. Как опал может заключать вне глобул свободную воду, так и халцедон, меж спутанных микрокристаллических волокон. Другое дело, что часто в образцах присутствуют и волокна, и глобулы.
А на простой вопрос я уже высказал предположительно ответ - образование большого количества микротрещин, вызванное потерей воды.
Сам кварц имеет очень малый КТР и при тех температурах, при которых происходит отжиг не должен лопаться.