Видно, что кристалл все же полностью сформирован, хоть и с изъянами, из-за которых и возникает вопрос "цитрин ли это, или отожженый аметист".
Причина, скорее в нестабильной геодинамической обстановке, в которой вырос кристалл: изменения температуры, примесь окрашивающих ионов (либо Al, либо Fe3+), все это "отпечаталось" на облике кристалла. Белые непрозрачные пятна, как бы матового кварца, говорят о понижении температуры.
Все эти признаки указывают, как раз на природное происхождение, а не искусственное.