"Трубки" расположены в направлении роста кристалла. В зависимости от условий формирования кристалла трубки могли бы быть и "сквозными". Так, собственно говоря, часто и бывает, что и стали использовать в последнее время для облагораживания ограночных пеззоттаитов по "изумрудной схеме" - пропитка бесцветным маслом с диффузией резины, что приводит к значительному визуальному насыщению света и "улучшению" чистоты.
Насколько я понимаю (специалисты, надеюсь поправят, если неправ) - "заужение" трубок в глубино роста кристалла обусловлено постепенно увеличивающимся недостатком давления газовой фазы в процессе кристаллизации массы вокруг "пузыря".. Приток газа оказывается ограничен, а кристалл растет, "тело" его постепенно сжимает газовый пузырь до состояния такой трубки. "Вход" в нее внизу, в том месте, где кристалл прицепился к материнской породе, и чем дальше от "устья", тем тоньше трубка. Пузырь перестал быть пузырем и превратился в трубку из-за сочетания факторов, один из которых, наверное, временнОй - уравнивание давлений происходило медленно.