Дохлости (видимо, кораллы какие-то) просто оказались замещены кремнезёмом. Наверняка это кусок морского дна. Различные составляющие этого конгломерата в различной степени подвержены разрушению. Вот и образуются швы, пупырышки и дырки. Хотя шва я как-то не вижу на этой гальке. Окатанные сколы и всё.