Если хочется проверить реально дорогой камень неразрушающими методами, то можно применить микрозонд. На ЭД спектре кварца будет два пика - кислород и кремний, у хризоберилла тоже два - кислород и алюминий (бериллий на современных приборах не определяется). Соответственно это будет вам стоить рублей 500.