Вот это чуток поточнее: "Природа окраски аметиста непроста и является предметом многих научных дискуссий. Одно время считали, что она обусловлена примесями марганца (по сходству окраски камня с цветом пермарганата калия), железа, титана, кобальта, никеля. Но было установлено, что фиолетовая окраска обусловлена разновалентными ионами железа и дефектами (электронно-дырочными центрами) в кристаллической решетке минерала. Дефекты кристаллической решётки - это отклонения от идеальной пространственной периодичности в её реальном строении. А под действием энергии прямого солнечного света упорядоченность этих дефектов нарушается и аметист с течением времени может утратить свою окраску и превратиться в простой бесцветный или слабоокрашенный кварц..." Поскольку, в зависимости от условий образования, "разные аметисты" теряют окраску в разной степени, иногда практически и не теряют её, то действительно, природа её может быть разной... вплоть до органики...
